名古屋大学太陽地球環境研究所

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スーパーコンピュータ

ジョブの管理は Sun Grid Engine で行っています。
  • ジョブの種類
  • SGEを用いたジョブの管理
  • サンプルジョブスクリプト
  • シングルコア用:
  • #!/bin/sh

    #$ -S /bin/sh
    #$ -cwd
    #$ -V
    #$ -j y
    #$ -m b
    #$ -m e
    #$ -M email@domain
    #$ -q nodeshare
    #$ -pe smp 1
    #$ -l h_vmem=4G

    ./a.out < inputfile

    解説

    ※実行シェルの指定
    ※カレントディレクトリで実行
    ※環境変数の引継
    ※標準出力とエラーを同一のファイルに出力
    ※ジョブ開始時にメールで知らせる
    ※ジョブ終了時にメールで知らせる
    ※送信先E-mailアドレス
    ※キューの指定
    ※並列環境と使用するコア数の指定
    ※使用するメモリ容量の指定




    青色の部分は必須です。

    (注)本システムはシングルコアのみの演算には向いていません。
    (参)シングルコアの計算速度は、core i7 3.2GHz:本システム = 2:1 です。


  • スレッド並列用:
  • #!/bin/sh

    #$ -S /bin/sh
    #$ -cwd
    #$ -V
    #$ -j y
    #$ -m b
    #$ -m e
    #$ -M email@domain
    #$ -q nodeshare
    #$ -pe smp 24
    #$ -l h_vmem=40G

    PARALLEL=$NSLOTS
    export PARALLEL

    OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS
    export OMP_NUM_THREADS

    ./a.out < inputfile

    解説

    ※実行シェルの指定
    ※カレントディレクトリで実行
    ※環境変数の引継
    ※標準出力とエラーを同一のファイルに出力
    ※ジョブ開始時にメールで知らせる
    ※ジョブ終了時にメールで知らせる
    ※送信先E-mailアドレス
    ※キューの指定
    ※並列環境と使用するコア数の指定
    ※使用するメモリ容量の指定

    ※自動並列を用いる場合の設定


    ※OpenMPを用いる場合の設定





    青色の部分は必須です。
    メモリ使用量に関して、 ノードあたり使えるメモリの最大値は92GBです。

    紫色の部分は変更しないでください。 システムに損傷を与えます

    緑色の部分も必須であり、以下の組み合わせが可能です。
    キュー
    nodeshare
    nodex4

    並列環境
    smp
    intelmpi48

    並列数
    1~48
    48のみ(ただし、下記「ハイブリッド並列」を参照)



  • MPI並列用:
  • #!/bin/sh

    #$ -S /bin/sh
    #$ -cwd
    #$ -V
    #$ -j y
    #$ -m b
    #$ -m e
    #$ -M email@domain
    #$ -q nodex4
    #$ -pe intelmpi48 192
    #$ -l h_vmem=1.5G

    source $TMPDIR/tmp.sh
    mpiexec -machinefile $TMPDIR/machines -n $NSLOTS
    ./a.out < inputfile









    ※キューの指定
    ※並列環境と使用するコア数の指定
    ※1プロセスで使用するメモリ容量の指定




    青色の部分は必須です。
    メモリ使用量に関して、 この場合はノードあたり1.5GB×48プロセス=72GB使用します。
    ノードあたり使えるメモリの最大値は92GBです。

    緑色の部分も必須です。この場合は4ノード(192=4x48コア)使用します。
    使用するコア数は、必ず48で割り切れる数に設定してください。

    紫色の部分は変更しないでください。 システムに損傷を与えます

    キュー
    nodeshare
    nodex4
    nodex12
    nodex24

    並列環境
    intelmpi
    intelmpi48
    intelmpi48
    intelmpi48

    並列数
    1~48
    48,96,144,196
    48 x (1~12)
    48 x (1~24)

    最大リソース
    1ノード or 12ジョブ, 144時間
    4ノード or 4ジョブ, 144時間
    12ノード or nodex12/24で1ジョブ, 72時間
    24ノード or nodex12/24で1ジョブ, 72時間



  • ハイブリッド並列用:
  • #!/bin/sh

    #$ -S /bin/sh
    #$ -cwd
    #$ -V
    #$ -j y
    #$ -m b
    #$ -m e
    #$ -M email@domain
    #$ -q nodex4
    #$ -pe intelmpi48 192
    #$ -v threads=24
    #$ -l h_vmem=40G

    source $TMPDIR/tmp.sh
    mpiexec -machinefile $TMPDIR/machines -n $NP
    ./a.out < inputfile









    ※キューの指定
    ※並列環境と使用するコア数の指定
    ※スレッド数の指定
    ※1プロセスで使用するメモリ容量の指定




    青色の部分は必須です。
    メモリ使用量に関して、 この場合はノードあたり40GB×2プロセス=80GB使用します。
    ノードあたり使えるメモリの最大値は92GBです。

    緑色の部分も必須です。この場合は24スレッド・8プロセスで4ノード(192=4x48コア=24スレッドx8プロセス)使用します。
    使用するコア数は、必ず48で割り切れる数に設定してください。
    使用するスレッド数は、必ず48の約数に設定してください。

    紫色の部分は変更しないでください。 システムに損傷を与えます

    キュー
    nodex4
    nodex12
    nodex24

    並列環境
    intelmpi48
    intelmpi48
    intelmpi48

    並列数
    48,96,144,196
    48 x (1~12)
    48 x (1~24)

    最大リソース
    4ノード or 4ジョブ, 144時間
    12ノード or nodex12/24で1ジョブ, 72時間
    24ノード or nodex12/24で1ジョブ, 72時間



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